Здесь можно встретить такие редкие популяции млекопитающих, как малайский медведь, дикий бык, «носатая обезьяна», носорог, тапир, леопард, летучая лисица и орангутанг. На острове Суматра водится черный гиббон. В восточных районах страны водятся ехидны, некоторые виды кускусов и древесных кенгуру, муравьед.
В Индонезии распространены змеи и крокодилы, а небольшой остров Комодо приютил гигантского варана «комодо». На островах юго-востока страны обитают экзотические и пестроцветные пернатые, такие как райская птица, павлин, птица-носорог и поистине огромное количество попугаев всех разновидностей и размеров. Морская фауна прибрежных вод также необычайно разнообразна. В морях водятся сотни видов декоративных и промысловых рыб это анчоусы, летучая рыба, скумбрия, тунец, сардины.
В прибрежных водах встречаются акулы, дельфины, морские черепи и скаты. Встречается рыба-пила, меч-рыба и барракуда. В Индонезии прекрасно сочетается как активный, так и пляжный отдых, исторические, этнологические экскурсии и походы наивысшей категории сложности. Гостиничная база курортов страны достаточно развита и предлагает к услугам отдыхающих отели любого уровня. Наибольшую популярность среди российских туристов завоевал остров Бали.
Многие туристы, представляют себе этот курорт как сказочное место с райскими пляжами, изумрудным морем и тропическими бунагало, расположенными на самом берегу моря, однако это не совсем так. Бали это не совсем пляжный отдых. Сюда едут за отличным сервисом в отелях, особенной атмосферой, уникальной культурой и возможностью наслаждаться природой и восхитительными неземными пейзажами незатухающих вулканов.
Традиции и ценности древнейших религий также производят незабываемое впечатление на туристов. В этом плане Индонезия представляет собой настоящую сказку, полную волшебных драконов острова Комодо и сказочных женщин полуптиц, зовущимися «Гаруда» и осматривающих свои владения с куполов многочисленных храмов.